Como centro de referência, o CASIES/MT oferece apoio e suporte à inclusão da educação especial na perspectiva da educação inclusiva, com base nos seguintes eixos operacionais:

1. Atendimento, orientação e avaliação pedagógica.

2. Suporte técnico e produção de material didático.

3. Formação continuada para professores e profissionais da educação.

4. Apoio e orientação a estudantes, professores e famílias.

5. Promoção da interação e da convivência.

O CASIES/MT atua em parceria com as Diretorias Regionais de Educação de Mato Grosso (DREs), Secretarias Municipais de Educação e diversas instituições de ensino, como a Universidade Federal de Mato Grosso, o Instituto Federal de Educação de Mato Grosso, a Universidade Estadual de Mato Grosso, o Conselho Estadual de Educação e instituições particulares, entre outras.

Estão vinculados ao CASIES/MT, integrando sua estrutura pedagógica e administrativa e respeitando suas especificidades, os seguintes centros e núcleos especializados:

1. Centro de Apoio Pedagógico ao Deficiente Visual de Mato Grosso (CAP/MT).

2. Centro de Formação de Profissionais da Educação e de Atendimento à Pessoa Surda (CAS/MT).

3. Núcleo de Atividades das Altas Habilidades ou Superdotação (NAAH/S-MT).

4. Núcleo de Apoio Pedagógico ao Transtorno do Espectro Autista (NAPTEA).

5. Núcleo de Apoio e Suporte à Inclusão (NASI).